Das augenscheinlichste Symptom des Equinen Metabolischen Syndroms ist das deutliche Übergewicht mit oft typischen Fettdepots, z. B. am Mähnenkamm (Speckhals), an der Schulter, am Schweifansatz und an der Hinterhand.
Die durch EMS bedingte Hufrehe kann plötzlich und hoch schmerzhaft auftreten oder auch schleichend und chronisch verlaufen. In diesen Fällen wird der Beginn oft nicht bemerkt. Erste Anzeichen sind z. B. ein klammer oder schwungloser Gang (v.a. direkt nach dem Ausschneiden oder Beschlag) und die so genannten divergierenden Hornringe, die nach hinten Richtung Trachten hin „breiter“ werden.
Weitere Symptome können sein: Zyklusstörungen bei der Stute, vermehrtes Trinken und Wasserlassen oder Heißhunger.